Sulusokak’ta Takkeciler Camii’nin güneyindedir. 1148 ve 1157 yılları arasında yapılmıştır. En önemli özelliği Anadolu’nun ilk medreselerinden biri olmasıdır. Avlu kubbesi 14 metre çapında ve ortasında 10 metreye yakın açıklığı vardır. Birisi Niksar’da diğeri de Basra’da olmak üzere bu özelliği taşıyan 3 medreseden biridir. Moloz taştan sade ve süslemesiz olarak inşa edilen yapı, iki yandan da eyvanlar ve tonozlu odalarla çevrelenmiştir. Bugün harap durumda olan medrese Selçuklu Sultanı 2. İzzettin Keykavus’un hükümdarlığı döneminde 1247 yılında onarım görmüştür. O günden bu yana asırlardır ihmal edilmiş, özellikle Osmanlılar zamanında göçmen barınağı olarak kullanılmıştır. 1939 yılındaki yer sarsıntısı kubbe tonozlarda çökme ve çatlamalara yol açmış onarım kitabesi düşerek parçalanmıştır.
